Tokio in der Zukunft:

Die Welt wird von dem verrückten Wissenschaftler Zorndyke terrorisiert. Es gelingt ihm, mit Moderner Technologie die Polkappen zum Schmelzen zu bringen und somit einen weltweiten Anstieg des Meeresspiegel zu verursachen. Dies führt dazu, dass zahlreiche Küstenstädte im Ozean versinken und zahlreiche Menschen ihren Tod finden.

Außerdem gelingt es Zorndyke, meeresartige Lebewesen zu züchten die ebenso im Wasser, als auch an Land leben können. Mit diesem riesigen Heer von "Fischmenschen" an seiner Seite,  macht er es sich zur Aufgabe, die ganze Menschheit zu vernichten.

Doch die verbliebenen Menschen stellen sich tapfer der Bedrohung und die einzige wirkungsvolle Waffe sind U-Boote. Eines dieser U-Boote im Kampf gegen den Untergang der Menschheit ist die „Blue Six", die Blue Submarine No. 6. Mit ihrer tapferen Crew stellt sie sich dem Gegner, doch alleine sehen sie keine Möglichkeit mit dem Feind fertig zu werden.

So macht sich die Offizierin Mayumi Kino auf den Weg, um den Unterwasserspezialisten Tetsu Hayami zu überzeugen, der Crew beizutreten. Dieser scheint zunächst von diesem Angebot gar nicht beeindruckt zu sein. Plötzlich werden sie von Zorndykes Truppen angegriffen und Hayami sieht keine andere Wahl, als sich der Crew anzuschließen. Gemeinsam machen sie sich auf, gegen Zorndyke zu kämpfen. Doch mit der Zeit stellt sich heraus, dass doch nicht alle dieser Wesen bösartig sind.