Alles brennt. Alles brennt und es ist heiß. Der Rauch brennt dem kleinen Jungen in den Augen. Er weint. Überall um ihn liegen tote Menschen. Doch dann ergreifen ihn starke Arme und bringen ihn in Sicherheit. Er blickt hinauf zu dem Jungen, der ihn davon trägt und ist gefesselt von diesen goldenen Augen. Goldene Augen, die das Licht der Flammen reflektieren.

Dieser Traum kommt dem jungen Kira fast jede Nacht. Wirklich alles nur ein Traum? Die Male auf seiner Hand verraten es.

Als Kira eines Abends wieder einmal aus einem solchen Traum aufwacht, ist er völlig verstört. Auch seine Nachbarin und beste Freundin seit Kindheitstagen, Yuika, bleibt von seinen Gefühlsausbrüchen nicht verschont. Denn immer wenn Kira seine Emotionen nicht unter Kontrolle hat, entwickelt er außergewöhnliche Kräfte, die die normalen Fähigkeiten eines normalen Menschen bei weitem übersteigen. So fallen bei ihr schon des öfteren Bücher aus dem Regal. Als sie Kira trösten möchte, stellt sie fest, dass das Mal auf seiner Handfläche, das sie als das Zeichen des Merkurs identifiziert hat, immer deutlicher werden. Genauso wie seine Kräfte.

An einem anderen Ort ist die S.S.R.C.(Secret Service Rosencreutz) auf der Jagd nach einem entflohenen „Versuchsobjekt“. Jedoch vergebens. Er entwischt und sein Ziel ist kein anderes als Kira, den er aber nur Lemora-Saramander nennt.

Am nächsten Tag warten Yuika und Kira vor der Schule auf Inaba, der auch mit den beiden seit Kindesbein auf befreundet ist. Als Yuika noch einmal zurück in die Schule muss und Kira alleine warten muss passiert das unvermeidbare: Der Flüchtling der S.S.R.C packt ihn von hinten und zerrt ihn in ein Auto. Doch in diesem Moment erscheinen auch Yuika und Inaba auf der Bildfläche und als sie sehen was mit Kira geschieht, beginnt eine rasante Verfolgungsjagd. Die beiden versuchen verzweifelt das Auto mit dem Motorrad einzuholen, achten sie kaum auf den Gegenverkehr. Dann das ächzende Geräusch eines LKW’s, die hysterischen Schreie Kira’s. Dunkelheit.

Inaba und Yuika haben bei den Unfall ihr Leben verloren und sind doch nicht tot. Kira kann seine beiden Freunde einfach nicht sterben lassen und aus seiner Liebe zu ihnen gibt er ihnen ein Stück seines eigenen Lebens in Form von zwei kleinen Steinen.

Nach dem Unfall erholten sich alle relativ rasch, doch ist es nicht mehr wie zuvor. Als Kira den beiden ein Stück von sich selbst gab, um sie zu retten, verlor er auch seine Kräfte. Die sind dafür nun auf Yuika und Inaba übergegangen. Und auch den immer wiederkehrenden Traum hatte Kira seit dem nicht mehr. Doch was Kira nicht ahnt, ist dass dieser Traum in Wirklichkeit seine verdrängte Vergangenheit ist und der Junge mit den goldenen Augen sein lang verlorener Bruder Sui.